Что-то не припомню такой версии, хоть она и примитивна (может забыл, а может ее и не было). Поэтому выскажу.
Итак, храмы строились на одном и том же месте на протяжении столетий, причем разными культурами и народами.
Что если дело не в "местах силы", а в более банальной причине - их строили там, куда протоптана народная тропа. Там, куда привыкли ходить молиться. Так проще обратить завоеванное население в новую веру и проще контролировать их богослужения, которые они будут проводить где-то рядом.
Я не отрицаю наличие мест силы, просто одно другому не мешает. Первоначальное строение могло быть построено как раз на таком месте, а у завоевателей первоочередная задача была более прагматичной - распространить свою веру взамен прежней. И они в первую очередь выбирали "проходное" место с "целевой аудиторией". Прям как сейчас магазины открывают.